Общее руководство деятельностью Филиала МГУ осуществляет выборный коллегиальный орган – Ученый совет Филиала МГУ, порядок формирования, полномочия и вопросы деятельности которого определяются Ученым советом МГУ.
Состав Ученого совета Филиала утверждается приказом ректора МГУ. В его состав входят директор Филиала и его заместители, заведующие кафедрами и их заместители, представители научно-педагогического состава и студентов, председатель профкома, а также ведущие ученые Филиала. В случае увольнения (отчисления) из Филиала члена Ученого совета Филиала он автоматически выбывает из состава Ученого совета Филиала.
Заседания Ученого совета Филиала проводятся не реже 1 раза в квартал.

Ученый совет Филиала:

• вносит предложения по изменению и дополнению Положения о Филиале с последующим утверждением их Ученым советом МГУ;
• решает важнейшие вопросы учебной, научной и хозяйственной деятельности, кадровой политики, международных связей, перспективного развития Филиала;
• решает вопросы совершенствования структуры управления, управления Филиалом;
• утверждает порядок образования экономических и социальных фондов в соответствии с Уставом МГУ и решением Ученого совета МГУ;
• представляет Ученому совету МГУ сотрудников Филиала к присвоению ученых званий, почетных званий и премий МГУ, ходатайствует о награждении правительственными наградами и о присвоении почетных званий;
• утверждает Положение о кафедрах и других научно-образовательных структурах Филиала в соответствии с Уставом МГУ и с учетом местного законодательства;
• избирает путем тайного голосования заведующих кафедрами и лабораториями Филиала в соответствии с Уставом МГУ;
• проводит конкурсный отбор профессорско-преподавательского состава и научных сотрудников Филиала.

Все решения Ученого совета Филиала, за исключением конкурсных дел, принимаются простым большинством голосов и вступают в силу немедленно после подписания их председателем Совета.
Решения Ученого совета Филиала доводятся до сведения работников и обучающихся в Филиале.